VirtualBoxを6.0.6以降にアップデートした後、Vagrantの2.2.4だと、Guest Additionがどうにも使いにくいので、VirtualBoxを6.0.4で再インストールしました。

で、Vagrantからそれまでの仮想環境を起動するために行った手順です。

参考にさせていただいたのはこのページです。

VirtualBoxとVagrantの紐付けをやり直す方法
https://qiita.com/kayo_h/items/a6fe507b87170c90fe89

まず、VirtualBoxを起動し、既存の仮想マシンを追加します。
その上で、
$ VBoxManage list vms
として、{}で囲まれているidを、
.vagrant/machines/default/virtualbox/id
に書き換えます。

あとは、これまで通り、
$ vagrant up
で起動できるようになりました。