タイトルのまんまです。
全体に対してはBasic認証をかけたいのですが、WordPressのインストールディレクトリではwp-cronの実行のために認証をかけたくない、という状況です。

特定のディレクトリのみベーシック認証を外す方法
こちらのページで解説されたとおりに設定して対処しました。